IV əsrin əvvəllərində Böyük Konstantin Həvari Peterin qəbrinin üstündə bir məbəd tikməyi əmr etdi. İlk Roma xristian imperatorunun bu istəyi, çarmıxa çəkilmiş həvari Peterin məzarının Məsihin davamçıları tərəfindən həmişə hörmətlə qarşılanması ilə izah edildi. İnşaat Papa I Sylvesterin nəzarəti altında bir neçə on il davam etdi və 349-cu ildə tamamlandı. Məbəd Konstantin Bazilikası adlandırıldı - tikintiyə təşəbbüs göstərən imperatorun şərəfinə.
846-cı ildə məbəd ərəb quldurları tərəfindən talan edildi. Bu hadisə Papa IV Leo'yu bazilikanı və bitişik binaları əhatə edən bir müdafiə divarı çəkməyə sövq etdi. Bu fikir daha sonra papa şəhər dövləti olan Vatikan üçün qəbul edildi.
16-cı əsrin əvvəllərində bazilikanın çox xarab olduğu və bərpasının çox bahalı və əsassız olduğuna qərar verildi. Şəhər əhalisinin narazılığına baxmayaraq, Papa II Julius bazilikanın məhv edilməsini və yerinə yeni bir kilsə ucaldılmasını əmr etdi. Layihənin müəllifi Donato Bramantedir. Yeni kafedral bir əsrdən artıq bir müddətdə tikildi və Rafael və Mikelancelonun seçilə biləcəyi bir çox böyük ustalar tikintiyə rəhbərlik etdi.
17-ci əsrin əvvəllərində inşaat, V Paulun razılığı ilə məbədin quruluşunda əsaslı dəyişikliklər edən, binanın formasını yunan xaçından əvəz edən memar Carlo Maderno-nun nəzarəti altında aparıldı. Latın dilinə. Bu hərəkət Müqəddəs Pyotr Bazilikasının tutumunu artırdı.
Əsas qurbangah məbədin mərkəzində yerləşən həvarinin türbəsinin üstündədir. Michelangelo tərəfindən dizayn edilmiş bir günbəzin altında yerləşir. Arxasında fil sümüyü və ağacdan hazırlanmış bir taxt görə bilərsiniz. Müqəddəs Peterin Roma Papası olmaqla bu taxtda oturduğuna inanılır. Katedral Barok üslubunda hazırlanmışdır, əksər detalların müəllifi Lorenzo Berninidir.
Papalar Katedral zindanında basdırılır. Son dəfn 2005-ci ildə, II John Paul öldükdə baş verdi. Ümumilikdə 148 papa son sığınacaqlarını Müqəddəs Pyotr Bazilikasında tapdı.